遇到这样一家企业，办理建设工程规划许可证的时候是5个建筑物，其中有2栋是2层，到现在竣工验收时，发现2层的厂房都只建了一层。企业是因为投资问题才减少建筑面积的，有可能的话日后扩产的时候再建第2层。

这样的情况很少见吧，以前最多发现批了3栋只建2栋，另一栋没有建设。按国家规定是要针对建设工程规划许可证的审批内容进行竣工验收，如有不符都算没有执行规划。但一般情况如果只是有一栋没有建设，考虑企业的实际情况，而且没有对规划造成什么负面影响，最多是没有维护规划的严肃性，所以还是通过竣工验收的。

但如果有建筑物只建一部分，这样的情况，肯定是要改变施工图了，比如一层封顶的部分，女儿墙等肯定是改变了，这应当算改变了规划。

另外还涉及到未实施建设的部分，以后如何续建的问题。建设工程规划许可证的有效期的规定是一年内办理建设工程施工许可证，那么这样的情况建设工程许可证的作用发挥了，施工许可证也生效了，三个月内开工，现在组织竣工验收了，那么算是停工了么?停工一个月以上要报相关部门审批，以后要建设更是要等很长的期限，如何处理，还是重新办理建设工程规划许可证，再办施工许可证？

这样的情况，大家遇到过么，如何处理好啊？