案例：

2019年5月，A公司通过竞拍取得一宗商业用地，同年12月向当地规划部门提交了规划设计方案文本，2020年1月，规划部门基本完成了技术审查，并于2月通过了当地规委会汇报，但并未正式批准，同时A公司通过调研，考虑到业态调整，又编制了一份新的规划设计方案，并于2月底提交规划部门。

规划部门收到新方案文本，认为原来的方案已经通过规委会，而新方案对老方案有颠覆性调整，以书面通知的形式回复A公司，新方案不予以通过，要求不得对老方案有原则性调整。

经过多轮协商，双方一致达不成一致意见。

A公司向当地政府几次信访未果，最后决定起诉当地规划部门。

大家如何看待这个问题？有什么好的建议？