遇到一个案例，不知道怎么办理了，很晕，大家给点意见。
有一个房地产开发公司于2006年取得一块200000平方米的商住用地，整体办理了一张建设用地规划许可证。2008年底前该项目就已经开发完成，住宅部分都建成，并对外销售，商业部分，房地产公司持有，所有土地都进行了分割，并办理了分块土地证。2009年该公司内部股权变更，公司进行了分立，商业地块部分换发了土地使用证。
2013年，该企业要对商业土地上的建筑物进行改造，新公司股东希望取得在新公司名下的建设用地规划许可证。
我的疑问有以下几个：
1、一般房地产开发项目的土地使用权出让合同及规划条件里都会明确一个开发期限，一般是2-3年，那么过了这个期限，或是当时的合同和条件里没有明确开发期限，那么即使土地使用权还在开发公司名下，还能进行改扩建么？
2、国土局因为企业分立（没有股权变更），是不是不需要先办理建设用地规划许可证，就可以直接办理土地证？
3、上述案例中，不考虑国土部门的问题，也没有突破当时的各项指标，规划管理部门还需要重新核发建设用地规划许可证么？什么依据？具体要哪些资料，特别是没有对应的土地出让合同及划块依据，怎么衔接？