准建证与建设工程规划许可证的关系

一户村民于96年取得了一宗国有土地，性质载明为商住，同年取得乡政府颁发的“准建证”，并办理了当时的施工许可手续（有证哦，像个大奖状似的）。现在是2012年，房屋早就建成并使用多年，可是现在才要办理房产证。房管局见没有建设工程规划许可证不予房产登记，问这个事情如何处理。

我本人一直没有接触过农民建房，对这个案例，确实不了解，搜索了“准建证”，发现找不到准确的全称，也不懂到底这个证应该由哪个部门来发，与建设工程规划许可证到底是什么关系，如果当时乡政府发“准建证”代理建设工程规划许可证，这个建筑应当算是违法建筑了么？还是作为一种实际情况，对越权审批做确认呢？

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