其实很多时候，工作遇到的案例都很多问题，很不正常，如果一些关键的细节很清晰，是依法执行的，那么也就不会出现当下的情况了，但是很多问题确实是历史遗留问题，很多前面的不规范造成了当前的问题难以解决，看下面一个同行发来的案例：

甲公司成立于上个世纪80年代中期，原为乡镇企业，90年代改制变为私营企业，土地权属和房产大部分已经转到新公司名下。
甲公司土地和建筑被一条公路分割，公路西侧有一仓库，建筑面积680平方米，没有围墙，仓库西侧就是一条大河。
该仓库所在位置原为河边荒地，1999年，企业因生产需要，向国土局申请用地，国土局出具一个征地文件，同意甲公司使用该土地，面积约0.5亩，但查阅历史档案，已经找不到原来的其他资料，比如用地批准文件、土地使用证、用地合同。
2000年，甲公司申办了建设工程规划许可证，有3栋建筑，其中有一栋就是这个仓库。与这个仓库同时报建的其他2个建筑都申办了建设工程施工许可证，就这个仓库没有。
现在甲公司想要办理这个仓库的房产证。
翻阅资料，居然发现，这个仓库所在位置居然还是水务局管理的范围，还专门发了一个证书，期限是5年，每年年检。
土地权属不清楚，占地680平方米，国土显示的材料是0.5亩，而且还没有土地证或是用地批文。
建设工程规划许可证因土地权属问题，有明显瑕疵，而该地点的控规不详。
未办理建设施工许可证。
如何产权登记，存在很多障碍。