原《土地管理法》第七十四条规定：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款……”

现修改为七十五条：“……由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款……”，对违法占用耕地的违法行为的处罚主体增加农业农村部门，也就是说，自然资源部门和农业农村部门对违法占用耕地行为均有监管查处职责。

《土地管理法》第七十八条“农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋”。

其中的“土地”，指的是各类用途土地，只理解为宅基地属于限缩解释，对比七十七条，按照体系解释，应理解为各类土地。该条款作为特别条款，对主体和行为进行明确，即违法主体为村民、违法行为系建住宅，只要符合这两种特定的情形，应当适用特别条款七十八条，由农业农村部门查处。

农业农村部于2020年5月27日发布的《农业综合行政执法事项指导目录（2020年版）》第223项明确：对农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行政处罚的法定实施主体为设区的市或县级农业农村主管部门。

自然资源部于2021年7月27日发布的《自然资源部行政处罚事项清单》（自然资办函〔2021〕1373号）也没有对《土地管理法》第七十八条的行政处罚清单。