不符合城市规划的用地转让案例
直接上案例吧：
A公司于2005年通过竞拍取得一块工业土地，兴办了一个饲料加工厂，该地块位于一等级公路边，2006年该公司办理了选址意见书，后国土局直接发放了国有土地使用权证，2007年办理了建设工程规划许可证，2007年末投产至今。2008年公司改名为b公司，但公司股权未变更。2012年初，b公司经营不善，与c公司谈妥转让协议，目前公司用地范围的建筑物都已经办理了房产证，并过户到c公司名下，在办理土地证过户时，国土局查阅当时的国有土地使用权出让合同，认为该公司未完成合同载明的建设容量，目前的建筑面积仅为合同载明的一半，所以要求规划局换发建设用地规划许可证。
但是，问题来了，原a和b公司都未办理过建设用地规划许可证，另外，2009年该地块附近的公路重新建设时，道路规划宽度增加，当然这个行为未经过规划局，是当地交通局实施并出台相关文件下发，这样就导致b公司土地证上在路边的近5米用地范围实际上位于道路用地范围内，这样算是该地块与规划冲突了吧。
这样的情况，如何办理这个转让呢?
补充一下：
上述b公司和c公司同样是饲料加工企业，并且按目前工艺流程，厂区范围的建筑物已经够用，不涉及到改扩建。另外在公路界内的5米用地实际上在目前企业的围墙外，并无建筑物。
那么企业提出2个建议，由企业和地方政府承诺，该用地的开发建设已经完成，不再改扩建，在公路界内的用地可以转让给c公司，但c公司保证不利用，或是c公司在转让过程中，扣除这部门用地。一是请国土局认定该地块完成了开发建设，直接过户给c公司。二是请规划局按扣除5米范围用地直接办理建设用地规划许可证。
请教大家，作为规划局如何操作？