关于多部门无力阻止改变规划的怪现象

搞城市规划管理工作的，看到这个标题，已经心里都知道是啥情况了，为了进一步说明，说一个最近听到的案例。某省某镇有一家临路工业企业，擅自将临路办公楼及厂房进行了改造，并开始做装修，计划改为浴室及旅馆。经镇政府建设站工作人员巡查发现后，镇政府及时作出反应，发函通知了政府各个职能部门，如工商局、卫生局等，不知道有没有通知规划局、国土局及行政执法局。
在函发出的时候，装修都基本结束，消防部门都已经办理了相关许可，企业都已经到卫生局申报卫生许可了，卫生局收到书面告知函后，表示压力很大，根据他们系统的法律法规，他们认为没有不发的理由，改变土地用途和城市规划不是他们该管的，规划部门本身不具有执法职能，因此拿出了《江苏省城乡规划条例》第五十条，而且从字面上还不行，只是理解为业主擅自改变建筑规划用途的，工商、文化等有关部门不得核发相关证件。尽管如此，卫生局还是觉得没有办法以此为依据拒绝企业申请，因为他们许可的要件里没有这个方面的规定。
办完卫生许可，企业又到了工商局注册新公司，工商局尽管也收到了镇政府的函，不过他们和卫生局一样，对于前置条件符合，且认为在工业企业内的办公楼内注册新的服务业公司是完全可以的，因此发放了工商执照。
然后万事俱备，浴室和旅馆都开张了，周围的群众发现为什么工业企业能改为三产服务业呢？于是，到处举报或是信访，这样的情况下，执法局和国土局才开始调查取证，然后为怎么处置协商几个月，最后要求恢复原状、罚款等等。企业又不干了，说了一句，我搞了这么久到各个部门都取得了合法的许可，我的行为是合法的，想要拆除是不可能的，然后进入无休止的争吵和协调，最后或许是不了了之，然后周边的企业群而效之。

如果国土局和执法局第一时间就发现并制止了就好了，如果各个职能都能不给其办理相关证件就好了，不过这些机制和相关规定都没有形成，所以造成这么多部门都无力阻止改变规划的怪现象。

关心一个问题：以上案例中的卫生局和工商局的行为违法么？