这个建设工程规划许可证怎么办？
某地有一个企业在2010年对自用用地内3栋厂房进行了报建，办理了建设工程规划许可证，然后企业主应为不熟悉相关法律法规，就开始了建设，并于2010年底前完工，在企业准备办理房产证的时候，他们惊闻居然他们没有办理施工图审查、建筑工程施工许可证，并不能办到房产证。于是在半业内人士的指点下，先是对建设工程规划许可证进行了延期，导致现在建设工程规划许可证还是有效的。他们也同时进行了施工图审查，但是在准备办理施工许可证时，被多个单位证实3栋厂房已经建成，没有办理质量监督等手续，因此不能办理建筑工程施工许可证。
然后多方协调，要求规划局对这3栋厂房以已建建筑补办建设工程规划许可证的形式来办理，然后才能进行竣工备案等等手续。
我看到这个案例，我有点晕乎，为什么要补办，不是已经办理了，而且还在有效期内啊？而且办理建设工程规划许可证的原意是什么，现在这3栋厂房是按照建设工程规划许可证的内容来建设的，只是没有办理审图和施工许可证啊？
规划许可总是被拖下水……
这个案例到底怎么解啊？？？？？？？？？？